W sytuacji gdy próchnica przez dłuższy czas nie zostaje usunięta, dochodzi do jej pogłębiania się – przesuwania w głąb zęba do warstwy tzw. zębiny docierając do miazgi zęba. Wówczas następuje zapalenie miazgi zęba, które niestety jest bardzo bolesnym procesem.
Bakterie próchnicowe są źródłem toksyn, po dotarciu do miazgi zęba generują zapalenie miazgi, która w fazie nieodwracalnej (z powodu wysięku) zwiększa objętość i powoduje ucisk na zakończenia nerwowe. Jest to bolesny proces . Odczuwalne są samoistne, mocne i pulsujące bóle.. Zazwyczaj są podzielone bezbólowymi przerwami, które wraz z postępem choroby są coraz krótsze. W przypadku bardzo dynamicznego rozwoju choroby nadmiar wysięku w miazdze może uciskać na tkankę wyściełającą zębodół i tam wywoływać dolegliwości przy nagryzaniu pokarmów, co z powodu powtarzających się urazów zwiększa nacisk w okolicy stanu zapalnego przy wierzchołku korzenia. Mówimy wówczas o przywierzchołkowym zapaleniu ozębnej. Niestety na tego rodzaju ból często nie pomagają środki przeciwbólowe, a jego natężenie nie pozwala na normalne funkcjonowanie. Jedynym ratunkiem jest szybka interwencja stomatologa.
Czasem jednak procesy chorobowe w miazdze i ozębnej przebiegają bezobjawowo i mogą być wykryte wyłącznie podczas badania stomatologicznego i potwierdzone dopiero badaniem RTG.